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职  称:
研究员
办公室电话: 62752895
办公室地址: 北京市海淀区颐和园路5号,北京大学,金光生命科学大楼,100871
实验室电话: 62752895
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实验室主页: www.yi-lab.org
个人主页: www.yi-lab.org
个人简历
教育经历
2005 – 2010, 理学博士,芝加哥大学化学系
2001 – 2005, 理学学士,中国科学技术大学化学系

工作经历
2014 - 至今,研究员(兼职),北京大学化学与分子工程学院
2013 - 至今,研究员,北京大学合成与功能生物分子中心
2012 - 至今,研究员,北京大学生命科学学院
2012 - 至今,研究员,北大清华生命联合中心
2010 – 2011,博士后,芝加哥大学生物化学与分子生物学系
荣誉奖励
第十届“药明康德生命化学研究奖”学者奖,2016
中国化学会青年化学家奖青年化学家奖,2016
Nature Methods 期刊Method of the Year, 2016
国家自然科学基金委优秀青年科学基金项目,2015
绿叶生物医药杰出青年学者奖,北京大学,2014
“青年千人计划”(第二批)入选者,2012
IUPAC Prize for Young Chemists , 2011
Chemistry Alumni Graduate Fellowship , 2009
学术任职
2013 – present, the RNA society
2013 – present, the Chinese Society of Biochemistry and Molecular Biology
2012 – present, the Chinese Crystallographic Society
2012 – present, the Chinese Chemical Society
科研领域描述
  
    实验室致力于DNA/RNA修饰及去修饰的生物学通路、功能和机制研究。为了实现这一目标,我们综合运用包括化学生物学、表观遗传学、核酸化学、细胞生物学、生物化学、基因组学和结构生物学等多学科手段,旨在揭示核酸表观遗传修饰的新颖功能和调控机制。
1. RNA修饰和表观转录组学
    几十年的研究已经鉴定了100多种转录后修饰。研究人员之前认为,一旦RNA修饰产生,这些共价修饰都是稳定存在、不可逆转的。然而,最近关于6-甲基腺嘌呤(m6A)的一系列研究证明,RNA甲基化也是动态可逆的,并且在基因表达调控中起到重要作用。因此,“表观转录组学”也随之兴起。
除了m6A,转录组上还存在其它表观遗传修饰。我们课题组最近的研究发现,两种之前认为只在非编码RNA上存在的转录后修饰,即假尿嘧啶(Ψ)和1-甲基腺嘌呤(m1A),也广泛存在于哺乳动物的mRNA当中。我们的研究表明这些转录后修饰在转录组中广泛存在,受多种外界刺激的动态调控,并且对于m1A来说,可以被潜在的“eraser”消码器蛋白去甲基化。然而,mRNA上m1A和Ψ修饰的生物学功能还尚不清楚。我们希望利用课题组已经开发的新颖表观转录组测序技术,来阐释这些RNA修饰的功能和调控机制,从而在表观转录组学这个新兴起的学科中发现一片“新大陆”。
2. 依赖于TET和TDG的DNA主动去甲基化
    哺乳动物基因组主动去甲基化的新模式,包括了基于TET蛋白(ten-eleven translocation)对5-甲基胞嘧啶(5mC)进行氧化、并产生5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)、5-醛基胞嘧啶(5fC)和5-羧基胞嘧啶(5caC),5fC与5caC可在TDG糖基化酶的作用下完成去甲基化。除了作为DNA主动去甲基化的中间产物,这些5mC的氧化衍生物也具有生物学功能。近期证据表明5hmC作为一种稳定的表观遗传修饰,与很多生物学进程和多种疾病密切相关。5fC和5caC是5hmC的进一步氧化产物,在基因组的多个重要区域(例如启动子区与远端调控因子区)积累。我们实验室最近建立了一种全新的5fC全基因组测序技术(cyclization-enabled C-to-T transition of 5fC,fC-CET),这是一种不依赖于亚硫酸氢盐测序的单碱基分辨率5fC测序方法。我们将继续建立精准灵敏的5mC氧化衍生物测序技术,尤其是能应用于单细胞测序和临床研究的技术,来解析这些DNA表观遗传修饰的生物学功能。

3. DNA损伤修复及蛋白质-DNA相互作用
    DNA上的异常修饰可能会导致细胞毒性或基因组的不稳定。因此,基因组DNA一旦出现损伤就需要及时被修复。生物体在进化过程中,产生了一系列高效的DNA损伤修复机制;我们通过课题组掌握的一种新颖化学交联技术,对其中碱基切除修复和直接修复两种机制中进行研究。例如,我们最近发表的一项工作揭示了人类DNA糖基化酶NEIL1一种新颖的修复机制:即基于底物异构化的高效识别和修复机制。在这一研究方向中,我们通过整合化学合成、结构生物学、生物化学与生物物理学等多种技术,来研究修复蛋白与核酸的相互作用。

代表性论文
1 Li X, Xiong X, Yi C*. Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications. Nat. Methods, 2016;14: 23-31.
2. Li X, Xiong X, Wang K, Wang L, Shu X, Ma S, Yi C*. Transcriptome-wide mapping reveals reversible and dynamic N1-methyladenosine methylome. Nat. Chem. Biol., 2016; 12: 311-316.  
3. Zhu C, Lu L, Zhang J, Yue Z, Song J, Zong S, Liu M, Stovicek O, Gao Y*, Yi C*. Tautomerization-dependent recognition and excision of oxidation damage in base-excision DNA repair. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 2016; 113: 7792-7797.
4 Li X, Zhu P, Ma S, Song J, Bai J, Sun F, Yi C*. Chemical pulldown reveals dynamic pseudouridylation of the mammalian transcriptome. Nat. Chem. Biol., 2015; 11: 592-597.
5 Xia B, Han D, Lu X, Sun Z, Zhou A, Yin Q, Zeng H, Liu M, Jiang X, Xie W, He C*, Yi C*. Bisulfite-free, base-resolution analysis of 5-formylcytosine at the genome scale. Nat. Methods, 2015; 12: 1047-1050.

实验室简介


 实验室致力于DNA/RNA修饰及去修饰的生物学通路、功能和机制研究。为了实现这一目标,我们综合运用包括化学生物学、表观遗传学、核酸化学、细胞生物学、生物化学、基因组学和结构生物学等多学科手段,旨在揭示核酸表观遗传修饰的新颖功能和调控机制。





实验室电话: 8610-62752895
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