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陆剑
邮  箱: luj(AT)pku.edu.cn
职  称:
研究员
办公室地址: 北京市海淀区颐和园路5号,北京大学,王克桢楼,100871
实验室地址: 北京市海淀区颐和园路5号,北京大学,王克桢楼,100871
实验室主页: http://www.cbi.pku.edu.cn/lulab/
个人主页: http://
个人简历
教育经历
2002 - 2008,理学博士,进化生物学,芝加哥大学
1999 - 2002,理学硕士,遗传学,北京大学
1995 -1999,理学学士,细胞生物学和遗传学,北京大学
工作经历
2013 - 至今,研究员,北京大学生命科学学院
2013 - 至今,研究员,北京大学生命科学联合中心
2008 - 2013,博士后,康奈尔大学分子生物学和遗传学系
荣誉奖励
2012 中组部第三批“青年千人计划”
杂志任职
2018-    Science Bulletin, Editorial Board
2017-    Hereditas, Editorial Board
2016-    non-coding RNA research, Editorial Board
评审任职
2016  国家自然科学基金,评审专家
科研领域描述
进化生物学的核心问题是理解基因型对表型的影响以及自然选择在这个过程中的作用。我们实验室对与之相关的许多进化问题均有兴趣。我们当前研究主要是利用进化生物学方法研究由小RNA(microRNA、siRNA和piRNA)和长非编码RNA(lincRNA)介导的基因调控。

正在进行的果蝇全基因组测序项目(约500个黑腹果蝇品系及20多个果蝇物种全基因组已测定)和“千人基因组计划”为我们在物种内和物种间水平上研究非编码RNA的进化模式及其对转录组和表型的影响提供了很好的机会。我们当前的研究涵盖了新一代高通量测序技术、计算生物学、比较和功能基因组、进化理论和群体遗传学模拟等方法。我们最终研究目标是从系统生物学水平上理解1)非编码RNA调控怎样维持生物过程的稳定性,和2)与非编码RNA调控相关的遗传变异怎样引起表型变异和疾病。

当前我们主要的研究项目是:
  1)非编码RNA的起源、进化、以及驱动新非编码RNA基因进化的机理。
  2)利用RNA-Seq, ribosome profiling, 基因编辑和进化基因组学等方法鉴定非编码 RNA调控的靶基因。
  3)非编码RNA调控所引起的基因表达变异和疾病发生的机制。
  4)piRNA和转座子之间的相互作用引起的杂种不育。
代表性论文
[1] S. Luo, F. He, J. Luo, S. Dou, Y. Wang, A. Guo and J. Lu. Drosophila tsRNAs preferentially suppress general translation machinery via antisense pairing and participate in cellular starvation response. Nucleic Acids Res. 2018.
[2] J. Luo, Y. Wang, J. Yuan, Z. Zhao and J. Lu. MicroRNA duplication accelerates the recruitment of new targets during vertebrate evolution. RNA. 2018.
[3] Y. Duan, S. Dou, H. Zhang, C. Wu, M. Wu and J. Lu. Linkage of A-to-I RNA Editing in Metazoans and the Impact on Genome Evolution. Mol Biol Evol. 2018, 35: 132-148.
[4] Y. Duan, S. Dou, S. Luo, H. Zhang and J. Lu. Adaptation of A-to-I RNA editing in Drosophila. PLoS Genet. 2017, 13: e1006648.
[5] S. Luo and J. Lu. Silencing of Transposable Elements by piRNAs in Drosophila: An Evolutionary Perspective. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2017, 15: 164-176.
[6] Y. Wang, J. Luo, H. Zhang and J. Lu. microRNAs in the Same Clusters Evolve to Coordinately Regulate Functionally Related Genes. Mol Biol Evol. 2016, 33: 2232-2247.
[7] K. Ye, J. Lu, F. Ma, A. Keinan and Z. Gu. Extensive pathogenicity of mitochondrial heteroplasmy in healthy human individuals. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014, 111: 10654-10659.
[8] K. Ye, J. Lu, S. M. Raj and Z. Gu. Human expression QTLs are enriched in signals of environmental adaptation. Genome Biol Evol. 2013, 5: 1689-1701.
[9] F. Yu, J. Lu, X. Liu, E. Gazave, D. Chang, S. Raj, H. Hunter-Zinck, R. Blekhman, L. Arbiza, C. Van Hout, A. Morrison, A. D. Johnson, J. Bis, L. A. Cupples, B. M. Psaty, D. Muzny, J. Yu, R. A. Gibbs, A. Keinan, A. G. Clark and E. Boerwinkle. Population genomic analysis of 962 whole genome sequences of humans reveals natural selection in non-coding regions. PLoS One. 2015, 10: e0121644.
[10] J. Lu and A. G. Clark. Impact of microRNA regulation on variation in human gene expression. Genome Res. 2012, 22: 1243-1254.
[11] J. Lu and A. G. Clark. Population dynamics of PIWI-interacting RNAs (piRNAs) and their targets in Drosophila. Genome Res. 2010, 20: 212-227.
[12] J. Lu, Y. Shen, Q. Wu, S. Kumar, B. He, S. Shi, R. W. Carthew, S. M. Wang and C. I. Wu. The birth and death of microRNA genes in Drosophila. Nat Genet. 2008, 40: 351-355.
[13] J. Lu, Y. Fu, S. Kumar, Y. Shen, K. Zeng, A. Xu, R. Carthew and C. I. Wu. Adaptive evolution of newly emerged micro-RNA genes in Drosophila. Mol Biol Evol. 2008, 25: 929-938.
[14] J. Lu, T. Tang, H. Tang, J. Huang, S. Shi and C. I. Wu. The accumulation of deleterious mutations in rice genomes: a hypothesis on the cost of domestication. Trends Genet. 2006, 22: 126-131.
[15] J. Lu and C. I. Wu. Weak selection revealed by the whole-genome comparison of the X chromosome and autosomes of human and chimpanzee. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005, 102: 4063-4067.
[16] J. Lu, W. H. Li and C. I. Wu. Comment on `Chromosomal speciation and molecular divergence-accelerated evolution in rearranged chromosomes`. Science. 2003, 302: 988; author reply 988.
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