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李程
邮  箱: cheng_li(AT)pku.edu.cn
职  称:
研究员
办公室地址: 北京市海淀区颐和园路5号,北京大学,王克桢楼,100871
实验室地址: 北京市海淀区颐和园路5号,北京大学,王克桢楼,100871
个人简历
个人介绍文字
北京大学生命科学学院、生命科学联合中心生物信息平台:http://bioinfocore.cbi.pku.edu.cn/
生物信息平台论坛:http://forum.cbi.pku.edu.cn/forum.php
加入李程基因组学研究组:http://forum.cbi.pku.edu.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=190

李程研究员在博士生、博士后、哈佛大学/Dana-Farber癌症研究组担任独立PI期间一直致力于研究高通量基因组学数据处理算法、软件开发和在癌症基因组学研究中的应用。研究组开发的dChip、ComBat系列数据分析算法和软件被广泛应用于基因表达和SNP生物芯片的数据分析和可视化,文章被引用3000余次。研究组的工作获得多项美国国家卫生院基金资助,在Nature, PNAS, Blood, Leukemia, Cancer Research, Bioinformatics 等刊物上发表论文100余篇,一共被引用20,000次以上,H-index为46。在2013年全职加入北京大学生命科学学院后,建立了干湿结合的癌症基因组学实验室,培养了融合生物、信息、数学、工程等交叉学科背景人才的研究团队,和校内外高分辨成像、基因编辑、干细胞、临床肿瘤医学研究组建立了紧密的合作关系。

随着三维基因组技术的快速发展以及它的广泛应用前景,美国国立卫生研究院在2014年制定了4D Nucleome计划,资助多个研究团队从三维空间和时间尺度上研究细胞核内染色质的组织结构和功能,体现了该领域的重要性和前沿性。基于对癌症基因组中非整倍体变异频繁出现的原因和后果的研究兴趣和基础,李程研究组在2014年开始将研究重心聚焦在癌症三维基因组学领域,通过自主建立的Hi-C实验和分析流程,首先研究多发性骨髓瘤细胞中非整倍体变异对三维基因组和表达谱的影响,同时在三维基因组学实验技术开发、分析算法、数据库网站、与临床研究团队开展合作方面都取得了重要进展。
教育经历
1997/9 – 2001/6 ,美国加州大学洛杉矶分校,统计系,统计学专业,博士学位(导师:Wing Wong)
1991/9 – 1995/6 ,北京师范大学,数学系,计算机专业,学士学位
工作经历
1.2013.4 – 今,  北京大学生命科学学院、北大-清华生命科学联合中心、统计科学中心,高级研究员
2.2002/7 – 2013/3,Dana-Farber癌症研究所,助理教授、副教授
3.2008/7 – 2013/3,美国哈佛大学公共卫生学院,生物统计系,副教授
4.2002/7 – 2008/6,美国哈佛大学公共卫生学院,生物统计系,助理教授
5.2001/7 – 2002/6,美国哈佛大学公共卫生学院,生物统计系,博士后(导师:Wing Wong)
科研领域描述
李程于1995年毕业于北京师范大学数学系,获得计算机学士学位。2001年毕业于美国加州大学洛杉矶分校统计系,获得统计学博士学位。2002至2013年在哈佛大学生物统计系、Dana-Farber Cancer Institute作为助理教授、副教授从事研究与教学工作。研究组开发的dChip、ComBat系列数据分析算法和软件被广泛应用于基因表达和SNP生物芯片的数据分析和可视化,文章被引用3000余次。研究组的工作获得多项美国国家卫生院基金资助,在Nature, PNAS, Blood,Leukemia, Cancer Research, Bioinformatics 等刊物上发表论文95篇,一共被引用20,000次以上,H-index 为46。2013年4月全职加入北京大学生命科学学院、生命科学联合中心、生物信息中心、统计科学中心。实验室使用生物、统计、计算等跨学科手段,提倡并培养研究人员和学生的科研技能与合作精神。多名承担过实验室项目的学生毕业后在美国知名大学任教。
  
计算癌症基因组学实验室
实验室主要研究兴趣为:癌症基因组学高通量测序数据的产生、建模、实验验证,目的是寻找个体化癌症医疗中新的致病和治疗机制,以及预测个体化用药效果的统计建模。代表研究项目包括底层数据分析,如使用高通量测序技术,精确地找出癌症样本中的发生的各种变异;整合性数据分析,如拷贝数、基因表达、小RNA 等癌症变异之间的调控关系、它们怎样帮助理解病理和预测治疗效果。

生物信息学平台
面向生科院、联合中心的生物医学研究人员,提供生物信息、生物统计在研究项目中应用的支持。主要工作包括:生物信息软件使用、数据分析、对计算结果的统计意义的解释;侧重于对于高通量测序实验设计、数据分析的咨询和支持;论文和基金申请相关内容的撰写;面向生命科学师生的生物信息、生物统计讲座,介绍生物信息软件、网站的使用和生物统计方法。
代表性论文
通讯作者
 
1.Wang Y, Fan C, Zheng Y, Li C*. Dynamic chromatin accessibility modeled by Markov process of randomly-moving molecules in the 3D genome. Nucleic Acids Res. 2017 Feb 9. doi: 10.1093/nar/gkx086.
 
2.Li R#, Liu Y#, Li T, Li C*. 3Disease Browser: A Web server for integrating 3D genome and disease-associated chromosome rearrangement data. Sci Rep. 2016 Oct 13;6:34651.
 
3.Wang X, Yan Z, Fulciniti M, Li Y, Gkotzamanidou M, Amin SB, Shah PK, Zhang Y, Munshi NC*, Li C*. Transcription factor-pathway coexpression analysis reveals cooperation between SP1 and ESR1 on dysregulating cell cycle arrest in non-hyperdiploid multiple myeloma. Leukemia. 2014, 28(4):894-903
 
4.Samur MK#, Shah PK#, Wang X, Minvielle S, Magrangeas F, Avet-Loiseau H, Munshi NC*, Li C*. The shaping and functional consequences of the dosage effect landscape in multiple myeloma. BMC Genomics. 2013,2;14:672.
 
5.Li Y#, Wang X#, Zheng H, Wang C, Minvielle S, Magrangeas F, Avet-Loiseau H, Shah PK, Zhang Y, Munshi NC, Li C*. Classify hyperdiploidy status of multiple myeloma patients using gene expression profiles. PLoS One. 2013;8(3):e58809. PubMed PMID: 23554930.
 
6.Samur MK#, Yan Z, Wang X, Cao Q, Munshi NC, Li C*, Shah PK*,#. canEvolve: a web portal for integrative oncogenomics. PLoS One. 2013;8(2):e56228. PubMed PMID: 23418540.
 
7.Yan Z, Shah PK, Amin SB, Samur MK, Huang N, Wang X, Misra V, Ji H, Gabuzda D, Li C*. Integrative analysis of gene and miRNA expression profiles with transcription factor-miRNA feed-forward loops identifies regulators in human cancers. Nucleic Acids Res. 2012,1;40(17):e135
 
8.Huang N#, Shah PK*,#, Li C*. Lessons from a decade of integrating cancer copy number alterations with gene expression profiles. Brief Bioinform. 2012 May;13(3):305-16.
 
合作工作
 
9.Liu M, Li Y, Liu A, Li R, Su Y, Du J, Li C, Zhu AJ. The exon junction complex regulates the splicing of cell polarity gene dlg1 to control Wingless signaling in development. Elife. 2016 Aug 18;5. pii: e17200.
 
10.Amin SB, Yip WK, Minvielle S, Broyl A, Li Y, Hanlon B, Swanson D, Shah PK, Moreau P, van der Holt B, van Duin M, Magrangeas F, Pieter Sonneveld P, Anderson KC, Li C, Avet-Loiseau H, Munshi NC. Gene expression profile alone is inadequate in predicting complete response in multiple myeloma. Leukemia. 2014 Nov;28(11):2229-34.
 
11.Jin Y, Li F, Zheng C, Wang Y, Fang Z, Guo C, Wang X, Liu H, Deng L, Li C, Wang H, Chen H, Feng Y, Ji H. NEDD9 promotes lung cancer metastasis through epithelial-mesenchymal transition. Int J Cancer. 2014 May 15;134(10):2294-304.
 
12.Ouillette P, Saiya-Cork K, Seymour E, Li C, Shedden K, Malek SN. Clonal evolution, genomic drivers, and effects of therapy in chronic lymphocytic leukemia. Clin Cancer Res. 2013 Jun 1;19(11):2893-904.
 
13.Bae J, Munshi A, Li C, Samur M, Prabhala R, Mitsiades C, Anderson KC, Munshi NC. Heat shock protein 90 is critical for regulation of phenotype and functional activity of human T lymphocytes and NK cells. J Immunol. 2013 Feb 1;190(3):1360-71.

14.Parkin B, Ouillette P, Li Y, Keller J, Lam C, Roulston D, Li C, Shedden K, Malek SN. Clonal evolution and devolution after chemotherapy in adult acute myelogenous leukemia. Blood. 2013 Jan 10;121(2):369-77.

15.Wang C, Tian R, Zhao Q, Xu H, Meyer CA, Li C, Zhang Y, Liu XS. Computational inference of mRNA stability from histone modification and transcriptome profiles. Nucleic Acids Res. 2012 Aug;40(14):6414-23.
实验室简介
地址:北京市-海淀路52号,北京大学东南角王克桢楼,三楼310
实验室成员:
博士后:李亭亭

管理员: 陈清

博士生:
吴朋泽 (CLS 五年级)
刘一方 (PTN 四年级)
李瑞风 (CLS 三年级)
贾璐萌 (SLS 三年级)
李梦帆 (CLS 二年级)
石强 (SLS 一年级)
淦晶波 (CLS 一年级)
熊海清 (CLS 一年级)

本科生:
刘玉婷 (17年 SLS新生)
徐子晗 (17年 SLS新生)
李晓婷 (清华 四年级)
范操琦 (北大 三年级)
季凡森 (北师大 三年级)

备注:
SLS:表示老体制
CLS:生命科学联合中心博士研究生项目
PTN:北京大学、清华大学和北京生命科学研究所联合博士研究生项目
实验室电话: 010-62757281
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