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胡家志

邮  箱: hujz@pku.edu.cn

职  称:研究员

办公室地址:北京市海淀区颐和园路5号,北京大学,吕志和楼,100871

实验室地址:北京市海淀区颐和园路5号,北京大学,吕志和楼,100871

实验室主页:http://hulab.pku.edu.cn

  • 个人简介
  • 科研领域
  • 代表性论文
  • 实验室简介

教育经历:

2006    学士    北京大学
2012    博士    北京大学

荣誉奖励:

教学优秀奖,2021
郑昌学奖教金,2021
求是杰出青年学者,2018
绿叶生物医药杰出青年,2018
拜耳学者,2018
億方学者,2017
哈佛华人生命科学研究奖,2016
美国癌症研究中心博士后奖学金,2014
吴瑞奖学金,2012
北京市优秀毕业生,2012
北京大学优秀毕业生,2012
北京大学优秀毕业论文奖,2012

工作经历:

2016    研究员    北京大学
2012    博士后    哈佛大学医学院及波士顿儿童医院

书籍编撰:

Frock RL#, Hu J#, & Alt FW. (2015). Mechanisms of recurrent chromosomal translocations. In book: Chromosomal Translocations and Genome Rearrangements in Cancer. Springer International Publishing, ISBN: 978-3-319-19983-2. doi: 10.1007/978-3-319-19983-2

执教课程:

《免疫学》《生活中的免疫学》
      有颌脊椎动物的免疫系统可以有效地抵御病原体的入侵并清除自身的异常细胞,包括癌细胞。其中,适应性免疫系统的淋巴细胞可以产生多样性的抗原受体而特异性识别病原体和异常细胞。淋巴细胞受体包括B细胞受体和T细胞受体,前者的分泌形式即抗体。淋巴细胞介导的获得性免疫在疾病治疗方面具有巨大的应用价值,如单克隆抗体相关药物在肿瘤治疗方面取得了显著成效。本课题组的研究方向集中在免疫基因组学与人类疾病。我们开发了一系列基因组学测序方法用于免疫学方向的研究,可以用于基因编辑工具(以基于细菌免疫系统的CRISPR/Cas为主)的评估、基因组稳定性的检测以及抗体和T细胞受体的测序。我们的研究方向主要集中在:
1. 基因编辑工具的安全性评估及改进
2. 淋巴细胞的复制与转录及其基因组稳定性维持机制
3. 抗体的发育成熟过程的机制研究和工程化改造。
代表性论文 (# 共同一作, *共同通讯)
Yin J#, Lu R#, Xin C#, Wang Y, Ling X, Li D, Zhang W, Liu M, Xie W, Kong L, Si W, Wei P, Xiao B, LEE HY, Liu T & Hu J (2022). Cas9 exo-endonuclease eliminates chromosomal translocations during genome editing. Nature Communications 8;13(1):1204. doi: 10.1038/s41467-022-28900-w.

Liu Y#,*, Yin J#, Gan T#, Liu M, Xin C, Zhang W & Hu J* (2022). PEM-seq comprehensively quantifies DNA repair outcomes during gene-editing and DSB repair. STAR Protocols 3(1), 101088. doi: 10.1016/j.xpro.2021.101088

Gan T, Wang Y, Schatz DG & Hu J (2021). RAG2 abolishes RAG1 aggregation to facilitate V(D)J recombination. Cell Reports 37, 209824. doi:10.1016/j.celrep.2021.109824

Liu M#, Zhang W#, Xin C#, Yin J, Shang Y, Ai C, Li J, Meng F-L & Hu J (2021). Global detection of DNA repair outcomes induced by CRISPR-Cas9. Nucleic Acids Research 49(15):8732-8742. doi: 10.1093/nar/gkab686.

Zhang W#, Yin J#,*, Zhang-Ding Z, Xin C, Liu M, Wang Y, Ai C & Hu J (2021). In-depth assessment of the PAM compatibility and editing activities of Cas9 variants. Nucleic Acids Research doi: 10.1093/nar/gkab507.

Liu Y#, Ai C#, Gan T#, Wu J, Jiang Y, Liu X, Lu R, Gao N, Li Q, Ji X, Hu J (2021). Transcription shapes DNA replication initiation to preserve genome integrity. Genome Biology 22(1):176. doi: 10.1186/s13059-021-02390-3

Yin J#, Liu M#, Liu Y#, Wu J, Gan T, Zhang W, Li Y, Zhou Y & Hu J (2019). Optimizing genome editing strategy by primer-extension-mediated sequencing. Cell Discovery 5, 819. doi: 10.1038/s41421-019-0088-8.

Zuo E#, Huo X#, Yao X#, Hu X#, Sun Y#, Yin J#, He B, Wang X, Shi L, Ping J, Wei Y, Ying W, Wei W, Liu W, Tang C, Li Y, Hu J* & Yang H*. (2017). CRISPR/Cas9-mediated targeted chromosome elimination. Genome Biology 18(1):224. doi: 10.1186/s13059-017-1354-4.

Lin SG#, Ba Z#, Du Z#, Zhang Y, Hu J* & Alt FW*. (2016). A highly sensitive and unbiased approach for elucidating antibody repertoires. Proc Natl Acad Sci USA 113(28):7846-51. doi:10.1073/ pnas.1608649113.

Hu J#, Meyers RM#, Dong J, Panchakshari RA, Alt FW* & Frock RL*. (2016). Detecting DNA double-stranded breaks in mammalian genomes by linear amplification-mediated high-throughput genome-wide translocation sequencing. Nature Protocols 11(5): 853-71. doi: 10.1038/nprot.2016.043.

Hu J#, Zhang Y#, Zhao L, Frock RL, Du Z, Meyers RM, Meng F-L, Schatz DG, & Alt FW. (2015). Chromosomal loop domains direct the recombination of antigen receptor genes. Cell 163(4): 947-59. doi: 10.1016/j.cell.2015.10.016.

Frock RL#, Hu J#, & Alt FW. (2015). Mechanisms of recurrent chromosomal translocations. In book: Chromosomal Translocations and Genome Rearrangements in Cancer. Springer International Publishing, ISBN: 978-3-319-19983-2. doi: 10.1007/978-3-319-19983-2

Frock RL#, Hu J#, Meyers RM, Ho Y-J, Kii E, & Alt FW. (2015). Genome-wide detection of DNA double-stranded breaks induced by engineered nucleases. Nature Biotechnology 33(2):179-86. doi: 10.1038/ nbt.3101.

Hu J#, Tepsuporn S#, Meyers RM, Gostissa M*, & Alt FW*. (2014). Developmental propagation of V(D)J recombination-associated DNA breaks and translocations in mature B cells via dicentric chromosomes. Proc Natl Acad Sci USA 111(28): 10269-74. doi: 10.1073/pnas.1410112111.

Tepsuporn S#, Hu J#, Gostissa M*, & Alt FW*. (2014). Mechanisms that can promote peripheral B-cell lymphoma in ATM-deficient mice. Cancer Immunol. Res. 2(9): 857-66. doi: 10.1158/2326-6066. CIR-14-0090.

Hu J, Sun L, Shen F, Chen Y, Hua Y, Liu Y, Zhang M, Hu Y, Wang Q, Xu W, Sun F, Ji J, Murray JM, Carr AM, & Kong D. (2012). The intra-S phase checkpoint pathway targets Dna2 to prevent stalled replication forks from reversing. Cell 149(6): 1221-32. doi: 10.1016/j.cell.2012.04.030.

本课题组的研究方向集中在免疫基因组学与人类疾病。癌症已经成为目前最为关注的一类疾病。在癌症的发病原因中,以DNA损伤造成的基因组不稳定性为主要诱因。而在各种DNA损伤中,以DNA双链断裂最为危险。因此,我们的第一个研究目标是研究DNA复制和转录等关键DNA代谢活动过程中导致DNA损伤的分子机制。但需要指出,并不是所有的DNA双链断裂都是有害的。在淋巴细胞发育并产生抗体和T细胞受体(合称为淋巴细胞受体)的过程中,DNA双链断裂定时、定点发生,对淋巴细胞受体的高度多样性起到了关键性作用。淋巴细胞是肿瘤免疫治疗的关键细胞。因此,我们的第二个研究目标,也就是我们实验室未来的主要研究方向是研究淋巴细胞发育过程中DNA双链断裂的产生和调控以及对淋巴细胞受体多样性的影响。此项机理的研究,也将有助于我们了解抗体,从而利用有效的手段去干预抗体的成熟过程以实现更加有效的抗体成熟和工程化。此外,在有害和有益之间,DNA双链断裂也为基因编辑系统CRISPR-Cas9所用,从而有效地在基因组上进行目的基因的编辑。但是基因编辑过程中的DNA双链断裂的修复产物也是基因编辑应用的一大障碍。因此,我们的第三个研究目标就是研究基因编辑过程中的有害DNA修复产物产生的原因并进行优化


实验室成员:
博士后-刘阳、甘婷婷
2016级-尹健行、张微微
2017级-吴锦淳
2018级-郭岳峰、辛昌昌、卢如森
2019级-王渝鸿
2020级-孔凌云
2021级-刘栩豪、张丁峥嵘、欧丽琼
实验室电话62744611

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